For å få infrastruktur og dagligliv opp å gå igjen ble det raskt satt igang opprydding av ufremkommelige gater og fjerning av huspiper som lett kunne falle ned. Her deltok tyskerne med utstyr og fagfolk, de hadde en klar interesse av at all infrastruktur fungerte best mulig, ikke minst fordi de nå skulle bygge ut forsvaret av landet. Befaringer og planer ble gjort i raskt tempo.
Kommunale kontorer og enkelte butikker etablerte seg i den bestående begyggelsen, i utkanten av sentrum. I løpet av sommeren ble det reist 2 brakkekomplekser med en grunnflate på ca. 2600 m2, 43 forretninger fikk plass her. Det ble også reist 3 brakker for håndtverkere.
Svenske Røde kors sto for tildeling av boliger til "brente byer", et hjelpetiltak fra den svenske Socialstyrelsen. Bodø fikk flest boliger av alle brente byer, 106 boenheter i enkle og doble bygg. 77 av disse boligene ble satt opp i et område i Vestbyen i 1940/41. Området går fortsatt under navnet "Svenskebyen" på folkemunne. Resten av boligene ble plassert andre steder rundt sentrum.
Gjenoppbygning av byen ble ikke tillatt av Wehrmacht (den tyske forsvarsmakt) da dette ville ville komme iveien for forsvarstiltakene for havna, med en rekke bunkere fra Breivika til Snippen. De fleste av dem står fortsatt.
Nasjonalhjelpen (opprettet mai 1940) hadde en tid kontor på museet hvor de delte ut varer og utstyr til de trengende. Etter hvert ble det satt opp ei brakke vest for museumsbygget hvor de fikk tilhold.
I januar 1941 ble kommunestyret satt til side og det NS-kontrollerte byrådet overtok. Det var fortsatt med personer fra andre partier, men mange av disse fikk etter hvert nok, eller de ble byttet ut med NS-medlemmer (NS - Nasjonal samling).
25. september 1940 proklamerte Josef Terboven, som var «rikskommissær for de okkuperte norske områder» at eneste lovlige parti i Norge var NS. Fra 1941 hadde byen NS-ordførere. Ordfører hadde all makt og kunne ta avgjørelser alene.
Tyskerne anla en mengde militære anlegg i Bodø-området. De bygde kanonstillinger, bunkere, fjellanlegg og kystfort. En stor tankgrav ble gravd ut ovenfor havna og det ble lagt ut mange sperringer og minefelt. Mange av disse ble først bygd fra 1943 og utover, da invasjonsfaren fra de allierte ble større.
Næringslivsmessig var det Frostfilet-fabrikken på Langstranda den viktigste for tyskerne på bodøhalvøya.Den ble bygget ut og hadde både norsk og utenlands arbeidskraft, etterhvert var det flest tvangsarbeidere fra Sovjet, tidligere også norske tvangsarbeidere. Etter hvert ble det arbeidsplikt i Norge. Da ble alle arbeidsledigesendt på arbeid landet rundt, også uteliggere og gatepiker. Men dette var lite motivert arbeidskraft, som så sitt snitt til å stikke av straks det var mulig.
Tyskerne rekvirerte flere bygninger i byen, samt i nabokommunen Bodin. Museet ble en tid rekvirert av NS, før de overtok Frimurerlosjen våren 1941. Fra da av brukte tyskerne museet til lager og kontor.
5 lange okkupasjonsår ventet – 8. mai 1945 kapitulerte tyskerne.
I Bodø overtok MILORG (Militær motstandsorganisasjon) ledelsen under overlege Anton G. Johnson, sammen med utnevnte sjefer for administrasjon i Nordland (sorenskriver Rgonlien) og politi (statsadvokat Ulfsby), samt folk fra Sepals III (medlemmer av Kompani Linge). Innledningsvis måtte tyskerne stå vakthold av egne leire og forsvarsverk inntil styrker fra Sverige og England ankom.
De tyske soldatene måtte oppholde seg i leire, deretter ble de samlet i 2 interneringsleire i Indre Salten. Her gikk alle gjennom screening. Dersom vedkommende hadde tatt del i krigsforbrytelser eller var medlem av nazipartiet, ventet en overføring til spesialleire sørpå i påvente av egen sak. De fleste ble utover sommeren/høsten sendt hjem, når forholdene i Tyskland var klare for det, mens andre ble holdt igjen og måtte delta i mineryddingen som varte i 1,5 år. I dette arbeidet mistet ca. 200 tyskere livet.
Kilde:
- Støre Knut, lokalhistoriker.